1、发行机构不同：行政保函是由国家机关、事业单位、社会团体等具有法人资格的机构根据申请人的要求向受益人开立的具有法律效力的担保文件，而银行保函是由银行作为保证人向受益人开立的保证文件。

2、保证范围不同：行政保函的保证范围广泛，包括但不限于政府采购、基础设施建设、贸易结算等，而银行保函的保证范围相对较窄，主要涉及贸易、工程承包、劳务输出等。

3、风险承担方式不同：行政保函的风险由国家机关、事业单位、社会团体等承担，而银行保函的风险由银行承担。