办理银行保函交保证金是因为银行和担保公司认定这个项目是有风险的，比如：

一、申请企业或受益人都是刚成立一年左右的企业（这类企业相对实力很弱，抗风险能力就很弱了）。

二、申请企业的资质低，比如只有劳务资质，但是想开大银行的独立保函，就比较难了；

三、申请企业近期有被执行，法人或者股东有限制高消费，那你都有这种行为了，担保机构能放心吗？

四、保函金额很大，时间很长，独立格式，这种的相对来说，只要企业实力不是很强，大概率是要交保证金的。