北京大学第六医院(北京大学精神卫生研究所、北京大学精神卫生学院)是北京大学精神病学与精神卫生学的临床医疗、人才培训与科学研究基地，是世界卫生组织(WHO)北京精神卫生研究和培训协作中心，是中国疾病预防控制中心的精神卫生中心，是拥有国家精神心理疾病临床医学研究中心、国家精神疾病医学中心的双中心医院。
刘琦强调，需要各级政府加强投入，对儿童自闭症从国家层面上高度重视，各种对自闭症儿童的诊疗、科普、关爱、康复活动广泛展开，为自闭症儿童家庭带来希望。而且科学研究方面也加强了经费投入，使得更多的科学家投身于这方面的研究。抑郁症的患病率高，影响更大，更需要从国家层面、各级政府层面的投入。
从实习医生到主任医师，刘琦医生已经在北大六院工作了二十多年。每日查房看患者、调整方案、日常带教、出门诊以及作为科室副主任承担一些科室管理工作，她的工作十年如一日。病房的住院医三个月或六个月轮转一次，经她带教的住院医也有几百个了，几乎没有住院医不喜欢她。
在儿童精神病学领域，致力于注意缺陷多动障碍(ADHD)和相关破坏行为问题的病因及发病机制、治 疗、预后和成人期ADHD的系列研究，开展儿童孤独症、创伤后应激障碍、儿童精神分裂症等儿童期重要精神障碍的临床与应用基础研究， 先后承担国家自然科学基金、科技部“十一五”支撑计划、973计划、国家重点研发计划、原卫生部、教育部、北京市科委等多项基金课题，在病因学、临床评定和治 疗方面均取得较为突出的成绩。