北京大学肿瘤医院胃肠肿瘤中心二病区拥有的胃肠肿瘤诊疗和研究团队，比肩国际胃肠诊疗中心。共开放床位29张，专长于进展期胃肠肿瘤的手术和综合、早期胃癌的保留功能手术、低位直肠保肛手术等。主治病种包括胃癌、结直肠癌、胃肠道间质瘤和其他少见胃肠道肿瘤。在多学科讨论的基础上，为每一位患者制定和实施为合理的诊疗规划。在中心主任季加孚院长的直接领导下，科室秉承北京大学肿瘤医院的优良传统，追求，不断进步，在临床、科研、教学等各方面均取得了令人欣喜的成果，保持稳健、严谨工作作风的同时，走上了高速发展的快车道。科室人员结构：1、人员构成：主任医师3人，副主任医师6人，主治医师7人，住院医师2人，护理人员17人。2. 科室主要领导：胃肠肿瘤中心主任季加孚，科主任步召德，护士长赵旻。
科室特色包括：微创手术、外科、疑难手术、功能保留手术、快速康复、病人全程管理。
北京大学肿瘤医院肝胆胰外一科创建于1996年。现有病床33张，医师10人，其中正高职称医生2人，副高职称1人，中级职称4人，在读研究生4人，所有医生均为研究生毕业。建科以来，在黄信孚及邢宝才主任的领导下，科室全体医师秉承以"延长病人生存，改善病人生活质量，为病人解除病痛"为目标，把肝胆胰肿瘤综合的理念与肝胆胰外科手术的近技术相结合，不断创新，不断提高，不断完善，形成了鲜明的本科室的诊疗特色。在医疗、科研和教学方面居国内水平。同时，培养出了一大批研究生和青年医师。
现任主任邢宝才，教授，主任医师。担任：中国协会肝癌专业委员会常委，中华外科学会肝脏外科学组委员，中华肿瘤学会肝癌学组委员，中国协会大肠癌肝转移学组委员，中国协会胆道肿瘤委员会常委，中国协会胰腺癌委员会委员，卫生部肿瘤规范化专家委员会委员，北京协会理事，北京协会肝胆胰肿瘤委员会主任委员，北京肿瘤学会委员，北京大学肝癌中心副主任，北方肝癌专家委员会副主任。同时担任多种杂志的编委和审稿专家。
消化肿瘤内科专注于胃肠道肿瘤的，以临床研究推进临床实践，以人才培养带动学科发展。专长于胃癌、结直肠癌、食管癌、胰腺癌、胃肠间质瘤、神经内分泌肿瘤、胆道肿瘤、肝癌等，以及难治性消化系统肿瘤的诊断与、综合及个体化。消化肿瘤内科拥有60多张病床，2013年接诊3万余人次。患者来自全国各地以及海外。科室专业技术实力雄厚，特别在胃癌、食管癌等中国高发肿瘤以及结直肠癌的，我们积累了丰富的经验，水平居于国内地位，病人在这里能享受到的医疗服务、的策略与方案。我们还为国内各大肿瘤专科医院培养了数百人的研究生及进修医生，推动了国内消化道肿瘤的规范化。同时我们基于临床问题开展的临床研究，以及牵头承担的数十项国家、省市级科研项目，提升了国内整个临床水平，促进了学科发展。
北京大学肿瘤医院介入科创建于1996年，是一个独立的、有鲜明特色的临床科室。目前介入病房有34张床位，医师13人，其中正高职称医生2人，副高职称5人，中级职称4人，住院医师3人，在读研究生4人。科室配备了GE大平板血管造影系统(4100IQ)，具有大视野DSA功能、三维血管成像和CBCT成像功能，三维血管容积成像使经血管的肿瘤介入准确性和性明显提高，同时完成的CT断层重建使经皮穿刺介入功能进一步完善。目前正在安装配置国际Siemens Miyabi Angio-CT系统，该系统具有滑动64层螺旋CT功能和大平板数字化减影功能，并实现CT和DSA的真正融合，是现代影像学引导介入的典范，推动该科的介入达到国际先进水平。