预付款保函除在国际工程承包项目中使用外，也适用于货物进出口、劳务合作和技术贸易等业务。例如，在成套设备及大型交通工具的合同中，通常采用带有预付性质的分期付款或延期付款支付部分价款。在这种交易中，进口人在签订合同后，向出口人开立履约保证书，由银行保证进口人按合同规定按期支付价款，同时，出口人也向对方开立还款保证书。如出口人不能按期交货，银行保证及时偿还进口人已付款项的本金及所产生的利息。
办理预付款保函需要5到10个工作日。
《人民法院关于审理独立保函纠纷案件若干问题的规定》 第十一条
独立保函具有下列情形之一，当事人主张独立保函权利义务终止的，人民法院应予支持：
（一）独立保函载明的到期日或到期事件届至，受益人未提交符合独立保函要求的单据；
（二）独立保函项下的应付款项已经全部支付；
（三）独立保函的金额已减额至零；
（四）开立人收到受益人出具的免除独立保函项下付款义务的文件；
（五）法律规定或者当事人约定终止的其他情形。独立保函具有前款权利义务终止的情形，受益人以其持有独立保函文本为由主张享有付款请求权的，人民法院不予支持。
如果保函中未曾写明预付款保函的担保金额，将随保函归还金额而相应减少，则很可能出现预付款已大部分偿还，而保函额不减的局面，业主随时可能全额没收保函，而承包商却不拥有全额预付款（因为很可能在业主没收保函时，承包商已经偿还了部分预付款）。
预付款保函的另一个风险是保函的生效时间先于承包商收到的预付款，承包商在不知情的前提下，业主已经没收预付款保函而承包商未收到预付款。
还有一种可能的风险，就是预付款已经扣还完毕，而预付款保函没有及时撤销，让业主有机可乘，留下没收保函之机。