预付款保函除在国际工程承包项目中使用外，也适用于货物进出口、劳务合作和技术贸易等业务。例如，在成套设备及大型交通工具的合同中，通常采用带有预付性质的分期付款或延期付款支付部分价款。在这种交易中，进口人在签订合同后，向出口人开立履约保证书，由银行保证进口人按合同规定按期支付价款，同时，出口人也向对方开立还款保证书。如出口人不能按期交货，银行保证及时偿还进口人已付款项的本金及所产生的利息。
如出口人不能按期交货，银行保证及时偿还进口人已付款项的本金及所产生的利息。 预付款保函是指银行对承包人进行担保的一种方式，银行开出符合业务要求的预付款保函后，承包人收到预付款，但并未按照合同执行项条款，未按时供货或者施工，业主这时提供相关证据，可向银行提起索赔，银行有见索即付的义务。承包人自己可以在银行开付余款保函，看承包人在银行的授信如何，授信好的保证金比例比较低，授信不好的保证金比例比较高，甚至是全额保证金。
预付款保函扣除
当申请人未能向受益人履行合约，则银行将代替申请人向受益人支付预付款，同时，申请人在银行购买的此项服务终止，预付款保函失效。
预付款保函是合同乙方保证自己收入的一种手段，这种保障手段多出现在工程中，为了保障合同双方平等，若有条件，甲方都应该先申请办理预付款保函，目的是为了在项目结束时，如果自己没有能力完成和合同约定的条款，将由银行出面，将甲方事先支付的预付款付给乙方，保证乙方的权益不受损失。当银行履行完此项业务时，预付款保函扣除。
预付保函又称还款保函及退款保函，在贸易合同中还可以成为定金保函。在大额交易中，买方或业主在合约签订后的一定时间内预先需向供货方支付一定比例的款项作为执行合同的启动资金，由于该款项是对供货方在履约之前所作的预付，买方为了避免日后由于供货方拒绝履行义务或者无法履行义务，却不退款而无端遭到损失，通常要求供货方在买方预付之前的若干日内通过其银行开出预付保函，有银行作出承诺，一旦申请人未能履约或者是无法全部履约(不管这种行为是有意的或者是无意造成的)，担保行将在收到买方提出的索赔后，向其返还这笔与预付金额等值的款项，或者相当于合约尚未履行部分相当比例的预付金额，使买方能够顺利的收回所预付的款项。