不论企业以前年度财务报表是否委托注册会计师进行审计，还是专项审计与年度财务报表审计是否为同一家会计师事务所承接，专项审计都可以按照《专项审计指引》独立实施审计程序。如果结合以前年度财务报表审计，确定的重要性水平应当低于相应财务报表审计的重要性水平，确定审计范围时应当考虑拟利用以前年度财务报表审计工作中获取的审计证据的程度。需要注意的是，应当结合具体环境考虑重要性的性质和数量两方面的因素。

基于申请高新技术企业认定的目的，申报企业通常将近三个会计年度研究开发费用结构明细表和近一年高新技术产品(服务)收入明细表的专项审计同时委托给一家会计师事务所，《专项审计指引》要求，针对研究开发费用结构明细表和高新技术产品(服务)收入明细表分别出具专项审计报告。

对于市场中的企业来说，其大多知晓企业申请成为高新技术企业的重要意义。并且，企业申请成为高新技术企业，具备诸多好处和优势。因此，很多符合条件和要求的企业，都会有着申请成为高新技术企业的意愿与诉求。而这，就需要开展高新技术企业审计。

1.申请企业自主选择第三方审计机构委托业务(基于对审计机构业务资质、服务团队、客户口碑的充分了解)；

2.审计代理公司与申请公司进行初步沟通了解，确定企业的审计目的和范围，再由审计公司对申请企业的审计风险进行专业评估；

3.评估通过后，双方签订正式的审计服务协议，明确审计费用、双方的权利和责任，并进行初步数据交接；

4.审计代理公司应当成立专门的项目组，向受委托企业发放高新技术企业专项审计所需材料清单；

5.申请人应根据资料清单准备相关审核材料；

6.审计代理公司审计工作组根据企业数据制定高新技术企业具体审计工作方案，为审计工作的实施打下良好基础；

7.与被审计企业确定现场审计时间并出具审计通知书；

8.审核员进入现场，审核企业提供的审核资料，对期间发现的审核问题进行详细记录，形成审核工作底稿；

9.审核审计工作底稿，并在此基础上形成初步意见；

10.与被审计企业交换审计意见；

11.在双方一致同意的基础上，为高新技术企业出具专项审计报告。